_Apesar da identidade do Líder da Akatsuki já ter sido revelada, Pein, ainda é um mistério quem seria o verdadeiro comandante dessa organização, pois Pein e Madara Uchiha parecem possuir uma certa relação de sociedade, e de temor um para com o outro, onde as decisões são tomadas em reuniões[1]. Portanto Pein é o líder declarado, e eleito, da organização, porém não toma as decisões individualmente. Porém não se sabia qual a verdadeira identidade de Pein, sendo que todos os seus seis corpos eram controlados por alguém que se oculta nas sombras. Porém revelou-se que ele é Nagato, um discípulo de Jiraya, detentor do Rinnegan, um poderoso Doujutsu que ainda não se sabe os limites dos poderes desse jutsu. Ele controla os corpos através de transmissores de chakra, os piercings que são espalhadas pelos corpos.

_Madara Uchiha sempre foi um prodígio em seu clã, o Clã Uchiha. Ainda durante sua infância despertou a Kekkei Genkai de seu clã, o Sharingan, e treinando arduamente com seu irmão, Izuna Uchiha. E após esse arduo treinamento ambos despertaram uma nova forma de sua Linhagem Sangüínea Avançada, o Mangekyou Sharingan, e com esse novo poder Madara Uchiha se tornou e líder do Clã Uchiha. Como líder levou seu clã a ser um dos mais poderosos de todos, mas havia um clã que era o único que poderia rivalizar com o Clã Uchiha, o Clã Senju.
_Madara Uchiha lutou diversas vezes contra Hashirama Senju, o líder do Clã Senju, mas a luta entre os dois clãs eram muito equilibradas, Uchiha Madara ficou desesperado por ter conseguido a cegueira total apos usar muito o mangekyou sharingan por isso Madara Uchiha se utilizou de um recurso desesperador para acabar com sua cegueira, ele arrancou os olhos do irão a força e convenceu seu Mangekyou Sharingan, assim Madara Uchiha se tornou o único portador de um novo poder, o Fuumetsu Mangekyou Sharingan. Mas antes que ele pudesse lutar contra Hashirama Senju, seu Clã assinou um tratado de paz com o Clã Senju, e desse acordo e da junção dos dois clãs surgiu um povoado que posteriormente seria chamado de Vila Oculta da Folha. Com essa nova organização criada, era necessário que houvesse um líder, e assim todos escolheram Hashirama Senju para ser o primeiro Hokage, Shodaime Hokage.
_Pensando que Hashirama Senju iria destruir o Clã Uchiha, Madara Uchiha se opôs a todos e exilou-se da vila para retornar e acabar com Hashirama Senju. Em seu retorno ele estava controlando o Bijuu de nove caudas, a Kyuubi no Youko. Mas novamente ele fora derrotado por Hashirama Senju que tinha um controle mais poderoso que o Uchiha. Madara Uchiha foi dado por morto, porém estava vivo e em seu exílio Madara Uchiha realizou dois feitos de grande importância: se tornou o atual Mizukage da Vila Oculta da Névoa, e fundou uma organização de criminosos chamada Akatsuki junto com Pein, como revelado no mangá 436.
_Madara Uchiha possui um poder misterioso, tendo em vista que sua longevidade não é normal, tendo vivido muitos anos, pode ainda controlar o mais poderosos dos bijuus, a Kyuubi no Youko, e também é detentor de um Jutsu de espaço-tempo incrível, e é o único detentor do Fuumetsu Mangekyou Sharingan, cujas habilidades são desconhecidas. Porém segundo seu discípulo, Itachi Uchiha, Madara Uchiha não possui mais o mesmo poder que detinha quando era mais jovem.

_Após ser fundada por Madara Uchiha e Pein, a organização passou a reunir ninjas com habilidades únicas e muito poderosas. Inicialmente seu objetivo era o de coletar dinheiro para a organização poder se manter, onde quem administrava o dinheiro era um dos dez membros, Kakuzu. A segunda meta era a de criar uma maneira de conseguir capturar os Bijuus, com isso veio a criação de um dos mais poderosos Fuuinjutsus, o Genryuu Kyuu Fuujin. Suas metas também incluem adquirir contatos e aliados em diversas vilas, ou seja, espiões da Akatsuki. Porém sua meta pricipal é a de coletar todos os nove Jinchuurikis e extrair seus respectivos Bijuus. Segundo Pein, com o poder dos nove Bijuus a organização criaria uma arma de imenso poder para assim mergulhar as vilas no caos e na dor, mas seus objetivos verdadeiros ainda são um mistério. Itachi Uchiha e Jiraiya possuem uma teoria em comum, a de que Madara Uchiha foi o responsável pelo ataque da Kyuubi no Youko, onde a mesma acabou sendo selada em Naruto Uzumaki; porém Madara Uchiha afirma que tal acusação é falsa, mas no mangá 440, o Yondaime Hokage revelou para seu filho, Naruto, que foi Uchiha Madara o responsavel do ataque da Kyuubi, mostrando que de fato, Madara mentiu e que ele esta usando a Akatsuki para algo maior que esta planejando.

Abaixo você confere os integrantes da Organização Akatsuki: